Es una dependencia del Ministerio de Salud Pública y Bienestar Social cuya responsabilidad social se concentra alrededor de dos ejes de acción: ejerce la rectoría de la Respuesta Nacional amplia, integrada y comprometida a la epidemia de VIH e infecciones de transmisión sexual y provee en forma descentralizada los servicios de promoción, prevención y atención integral a las personas, bajo los principios de respeto a los derechos humanos, la equidad y el acceso universal, y el enfoque de género, para disminuir el avance de la epidemia y mejorar la calidad de vida de las personas con VIH y sida e infecciones de transmisión sexual. Para lo cual se ha ampliado a nivel país el acceso oportuno al diagnóstico a través de las pruebas rápidas para VIH, sífilis, previa consejería, y manejo sindrómico de las ITS.

El Programa Nacional de Control de SIDA/ITS fue creado por Resolución Ministerial Nº 38 del año 1988 y ampliado en sus funciones como responsable de intervenir y controlar la Infecciones de Transmisión Sexual en el año 1998, sin presupuesto para llevar adelante estrategias de intervención referente a las ITS.

Desde su creación el PRONASIDA depende de la Dirección General de Vigilancia de la SALUD, con quien coordina las acciones de acuerdo a las necesidades del país con relación a la problemática del VIH y sida e ITS.

El  Pronasida cuenta con un manual de organización con el propósito de operar ordenadamente y establecer una adecuada distribución, de deberes y responsabilidades entre los funcionarios que conforman los diferentes departamentos con sus dependencias.

Dentro del organigrama, esta representado y administrado por una dirección quien es responsable de la conducción y gerenciamiento de las políticas que se genera en respuesta a la epidemia en el país, para el cumplimiento de la misma se esta coordinando las acciones con los programa afines del MSPYBS del nivel central , regional y local, Involucrando a otros sectores tanto gubernamental y no gubernamental y de la sociedad civil organizada de manera a obtener una respuesta nacional al VIH y sida e ITS.